Эвакуация кафедры и ее функционирование в годы войны
С самого начала Великой Отечественной войны Сергей Александрович Захаров всю силу своего ума и опыта активизировал в направлении оказания помощи фронту и тылу. Он пишет целый ряд докладных записок в штаб Северо-Кавказского фронта: "О проходимости местных почв", «О значении времени вскрытия рек и оттаивания почв для военных операций», «О стратегических особенностях театра военных действий с почвенно-географической точки зрения», «О свойствах почв при их минировании» и др. По его же инициативе в программу геолого-почвенного факультета включаются специальные разделы, имеющие отношение к выполнению военно-инженерных работ. Но фронт неумолимо приближался к воротам Кавказа – городу Ростову-на-Дону.
В 1942 году, 8 июля, прямыми бомбовыми попаданиями было уничтожено все оборудование кафедры. В июле же кафедра почвоведения совместно с коллективом университета эвакуируется первоначально в Махачкалу, а в ноябре 1942 года прибывает в город Ош Киргизской ССР. Здесь вместе с С. А.Захаровым на кафедре работали Б. Г. Карнаухов и В. П. Мирошников (преподаватель пединститута).
С 15 ноября 1942 года возобновились занятия почти на всех факультетах университета. Знаток горных почв Кавказа, Сергей Александрович и в Киргизии попадает в свою стихию. Огромные горные цепи Памиро-Тянь-Шаньской системы были мало исследованы в почвенном отношении. Он организует почвенные экспедиции по изучению почв и растительности хребтов Киргизии, изучает пустынные почвы, собирает почвенные коллекции, выступает на научных конференциях. Для научных и учебных целей была собрана большая коллекция. Некоторые из этих экспонатов были доставлены позже в Ростов-на-Дону и в настоящее время представлены в музее почвоведения имени проф. С. А. Захарова.
В конце 1944 года Ростовский государственный университет возвращается в родной город. Приходится все начинать сначала. Ростовская квартира семьи Захаровых разграблена; все имущество, в том числе картины отца, уникальная почвенная библиотека, рукописи, черновые наброски давно задуманной монографии "Почвы Кавказа", множество карт, полевых дневников безвозвратно утеряны. Как уже упоминалось, уничтожена во время бомбежек кафедра почвоведения. Но самая тяжелая, невосполнимая потеря – гибель на фронте обоих сыновей.